این موسسه به نام شمس المعالی قابوس بن وشمگیر که حامی و سرپرست علم و هنر و دارای طبع موزون شاعری بوده است نام گذاری شده است . او در علم وادب و بذل و بخشش و دین داری و عقل و تدبیر و فراست و هوش بی مانند بوده است. همچنین از فرمانروایان منطقه محسوب می شود که در سنه ی ۴۰۳ هجری شمسی در گنبد قابوس به خاک سپرده شده است و نام این شهر و منطقه از آن اوست.
موسسه شمس را می توان هم نام یکی از سوره های قرآن دانست که خداوند در قرآن کریم بدان قسم یاد نموده است.
از دید متفاوت تری می توان شمس را به خورشید و نور تلقی کرد که در واقع رابطه ی مستقیمی با علم و دانش دارد.
در ادامه می توان گفت شمس یکی از عرفای بسیار نامی ایران زمین است که مولانا (مولوی) به او اقتدا کرده است .
